1860年にヴィルヘルム1世がプロイセン王国の摂政の座に就くと、彼はパリ大使ビスマルクを呼び戻し、宰相に任命します。ビスマルクはヴィルヘルム1世の右腕として、普墺戦争（1866）や普仏戦争（1870～71）を主導して勝利を収め、ドイツ統一の立役者となりました。彼はラインガウ地方のワイン、シュタインベルガーを好んだと伝えられています。

普墺戦争は、プロイセン王国対オーストリアを盟主とするドイツ連邦諸国の戦いでした。プロイセンが圧勝してドイツ連邦は解体され、まずはプロイセン王国を盟主とする北ドイツ連邦が生まれます。続く普仏戦争でプロイセン王国はナポレオン3世を破り、フランス第2帝政が崩壊。1871年にヴィルヘルム1世はヴェルサイユ宮殿でドイツ皇帝に即位し、ドイツ帝国が誕生します。ドイツ帝国は、諸王国や公国、自由都市などが統合された連邦国家で、統一後、帝国内の関税はすべて廃止されました。

19世紀はドイツワインの品質がさらに向上した時代で、ぶどうを糖度別に数回に分けて収穫する技術がさらに発展しました。物理学者のフェルディナンド・エクスレ（1774～1852）が比重による糖度の計測を可能にしたためです。この計測法は現在も引き継がれています。

また、ぶどう栽培・ワイン醸造専門学校や研究所、国営醸造所も次々に設立されました。1860年にヴァインスベルクのアカデミー（ヴュルテンベルク王国管轄）、1870年にはガイゼンハイムの研究所（プロイセン王国管轄）がそれぞれ発足。プロイセン王国はラインガウでエーベルバッハ修道院の分散した畑を統合して国営醸造所を設立したほか、ナーエやモーゼルにも国営醸造所を開業しました。また、設備投資ができない零細農家は、協同組合を設立することで生き残りを図りました。最初の協同組合は1869年にアールで設立されています。

19世紀は、ヨーロッパのワイン界における激動の時代でした。例えば補糖（注）に関し、生産者間で対立が起こったのはこの時期です。ドイツの化学者ルードヴィヒ・ガル（1791～1863）が、フランスのジャン＝アントワーヌ・シャプタル（1756～1832）と同様に補糖を提唱し、寒冷地モーゼル地方のワインを救済した一方、補糖しない「ナトゥアライン（Naturrein / 自然純粋の意）」であるワインを重視する潮流も生まれました。1892年制定の初のワイン法は条件付きで補糖を認めており、1909年の帝国ワイン法は補糖できるワインを全体の20％に制限しています。

しかし、この時期最大の事件はオイディウム（ウドンコ病 / 1847年）、フィロキセラ（レープラウス / 1863年）、そしてペロノスポラ（ベト病 / 1878年）などの襲撃でした。これらのカビ菌および害虫は、アメリカ大陸から持ち込まれました。特にフィロキセラはヨーロッパ品種のぶどうを根から破壊する害虫で、その繁殖により、フランスだけで250万ヘクタールのぶどう畑が壊滅したといわれています。ドイツで初めてフィロキセラが確認されたのは1874年、ボン近郊で、1885年にはドレスデンでも確認されています。20世紀に入ってからは、モーゼル地方やバーデン地方などのぶどう畑にも被害が及びました。

注：気候条件により、十分な糖度が得られなかったぶどうからワインを醸造する場合に砂糖を添加し、充分なアルコール度数を得られるようにする手法。添加した糖分はアルコール発酵により分解され、ワイン中には残留しない。

フランス革命（1789）は、ドイツのワイン産業にも大きな変化をもたらしました。皇帝に即位したナポレオン1世（ナポレオン・ボナパルト / 1769～1821）の在位時代は、大フランス戦争（ナポレオン戦争 / 1803～1815）の時代。ヨーロッパのほぼすべての国がこの戦争に関わり、ナポレオンは一時、ヨーロッパのほぼ全域を征服しました。ドイツ（ライン同盟に加盟したバーデン大公国やバイエルン王国など）はフランス帝国の属国となり、プロイセン王国も当初、ナポレオンには敵わず、領土の約半分を失います。ライン左岸はフランスに割譲され、教会や修道院とその領地は没収されて、その多くが世俗の諸侯など、新たな所有者の手に渡りました。教会主導によるワイン造りの伝統は途絶え、ワインの新時代が始まったのです。幸い、新たに台頭したオーナーたちが高品質なワインの生産を継続したため、ライン、モーゼル地域のワインは、後に世界的名声を得ることになります。

ライン同盟は、1806年にナポレオン1世の圧力により、名ばかりの存在だった神聖ローマ帝国を離脱した領邦国家によって結成されたものでした。つまり神聖ローマ帝国は、ライン同盟に再編されることで解体され、滅亡したのです。

1812年、ナポレオンは対ロシア戦争で敗退します。翌1813年のライプツィヒの戦いは、ナポレオン戦争における最大規模の戦争で、この戦いにおいてフランス軍はプロイセン王国、オーストリア、ロシア、スウェーデンの連合軍に敗北し、ライン同盟は解体していきます。

その後プロイセン王国が、イギリス、オランダの連合国とともに解放戦争と称してフランスへ侵攻、1815年のワーテルローの戦いで勝利を収め、ナポレオンは退位します。ナポレオン退位後、教会は部分的に領地の返還を求めますが、その頃には農民層や市民層の中に、醸造所を所有する人々が台頭していました。

ナポレオン戦争終結後のヨーロッパの秩序作りを行ったウィーン会議（1814～1815）で、ドイツの政治地図は新しく描きかえられ、オーストリアを盟主とするドイツ連邦（1815～1866）が誕生、この連邦は35君主国・4自由都市で構成されていました。プロイセン王国（1701～1818）もドイツ連邦に加盟し、オーストリアと勢力を二分しました。

ウィーン会議以後、モーゼル地方はプロイセン王国の一地方となり、ラインヘッセン地方はヘッセン・ダルムシュタット大公国に組み入れられ、ラインガウ地方はナッサウ大公国、プファルツ地方はバイエルン王国のものとなりました。ザクセン地方とヴュルテンベルク地方は引き続き王国として存続、バーデン地方は大公国となりました。小国が林立する状態で経済を活性化させるため、プロイセン王国の主導で1834年に関税同盟が発足、加盟国間での関税障壁が取り払われました。その後、徐々に同盟国が増え、やがて各々のワイン生産地域が競合するようになります。その結果、優れたワインが生き残り、低品質のワイン市場が崩壊していくという問題が起こりました。輸送手段、特に鉄道の発達により、優れた地域の優れたワインの流通が容易になったためです。

また、関税同盟によって、ドイツ圏内のワインは特に1820年以降、北ドイツの都市部に大量に入ってきたボルドーワインと競合できるようになりました。関税同盟の導入はオーストリアを除くドイツの物流と経済的統一を促し、1871年のドイツ統一の下地をつくりました。